Susunan organisasi Balai Konservasi Peninggalan Borobudur sebagaimana Peraturan Menteri Kebudayaan dan Pariwisata Republik Indonesia Nomor PM.40/OT.001/MKP/2006 tanggal 7 September 2006 terdiri dari :
1. Kepala
2. Sub Bagian Tata Usaha
3. Seksi Pelayanan Teknis
4. Kelompok Tenaga Fungsional

Untuk  kelancaran pelaksanaan tugas dan fungsi Balai Konservasi Peninggalan Borobudur, susunan organisasi tersebut dijabarkan lebih lanjut dengan membentuk urusan-urusan pada Sub Bag Tata Usaha dan kelompok kerja-kelompok kerja pada Seksi Pelayanan Teknis, yaitu:

A.Sub Bagian Tata Usaha
1. Urusan Kepegawaian
2. Urusan Keuangan
3. Urusan Perlengkapan dan Rumah Tangga
4. Urusan Pelayanan Masyarakat

B.Seksi Pelayanan Teknis
1.Kelompok Kerja Pemeliharaan
a. Sub Pokja Pemeliharaan Candi
b. Sub Pokja Pemeliharaan Lingkungan Candi

2.Kelompok Kerja Dokumentasi dan Publikasi
a. Sub Pokja Dokumentasi
b. Sub Pokja Publikasi

3.Kelompok Kerja Kajian dan Laboratorium
a. Sub Pokja Kajian
b. Sub Pokja Laboratorium

4.Kelompok Kerja Perlindungan
a. Sub Pokja Perijinan
b. Sub Pokja Perlindungan

Sebagai Unit Pelaksana Teknis tentunya keberadaan Kelompok Kerja (Pokja) memiliki peran yang penting dalam pelaksanaan kegiatan sesuai dengan tugas pokok organisasi untuk mencapai kinerja organisasi yang telah direncanakan. Dengan bertitik tolak dari Tupoksi Balai Konservasi Peninggalan Borobudur dan tantangan ke depan yang semakin kompleks maka Kelompok Kerja (Pokja) Teknis disusun sebagai berikut:

Pokja Pemeliharaan memiliki tugas pokok rutin untuk melaksanakan pemeliharaan dan perawatan terhadap Candi Borobudur dan Situs (Zona 1) Candi Borobudur, serta melaksanakan perawatan dan pemiliharaan  koleksi benda cagar budaya yang berada di kantor Balai Konservasi Peninggalan Borobudur dan koleksi yang berada Museum Karmawibangga.

Pokja Dokumentasi dan Publikasi memiliki tugas pokok rutin melaksanakan dokumentasi, perawatan dan pengelolaan dokumen film, foto, gambar, dan peta yang berkaitan dengan Candi Borobudur; melaksanakan publikasi dan kehumasan dalam bentuk pengelolaan web site, pameran, sosialisasi, penyuluhan, penerbitan, dan pelayanan (pemanduan) untuk tamu-tamu dinas yang berkunjung ke Candi Borobudur; melaksanakan pengelolaan dan pelayanan perpustakaan; serta melaksanakan penggambaran dan pemetaan.

Pokja Kajian dan Laboratorium memiliki tugas pokok rutin melaksanakan kajian/studi di bidang konservasi, teknik sipil, arsitektur, geologi, biologi, kimia, dan arkeologi; melaksanakan pengembangan laboratorium dan metode konservasi; melaksanakan pengembangan kualitas SDM bidang konservasi dan pemugaran; serta melaksanakan pengembangan fotogrametri untuk pelestarian benda cagar budaya.

Pokja Perlindungan memiliki tugas pokok rutin untuk melaksanakan perlindungan dan pengamanan terhadap Candi Borobudur; melaksanakan pelayanan perijinan; serta melaksanakan pengaturan pemanfataan dan pengelolaan serta monitoring kunjungan (visitor management) terhadap Candi Borobudur.